制种分人工杂交制种和非人工杂交制种两种。所谓人工杂交制种，就是通过人为的方法，在不同的品种之间进行选配，使后代产生变异，获得新品种的一种方法。杂交制种通常有父本和母本两方面，既可选择将父本的花粉涂抹到母本的花柱上形成杂交种子（可设定为正交）；也可选择将母本的花粉涂抹到父本的花柱上形成杂交种子（即反交），这两种方式形成的杂交种子一般会有区别，因此采种时要注意区分。

非杂交制种，也称常规制种，即只有雌花受粉后，结果形成的种子，经清洗、筛选、晾晒作为生产用种。黑皮冬瓜如果用常规方法制种，则无须区分雌雄。但是，冬瓜常规制种也要注意防杂，一定距离内不能种植其他品种的冬瓜，以保持冬瓜种子的纯度。