毒麦是检疫性杂草，混杂毒麦的小麦人吃了会中毒。毒麦的防除主要通过严格的植检措施，防止它在麦种调引过程中的流入。麦田里的毒麦在幼苗期极难发觉和识别，到了2月底，毒麦长得比麦子还高，对除草剂的抗性比小麦还强，所以只能采用人工拔除的方法。

毒麦的粒子很细，播种前可通过筛种机筛除；如果觉得播下去的麦种可能混有毒麦，可在播麦后出苗前，结合麦田除草使用化学除草剂防除。如亩用50％异丙隆或克稗灵150克左右，有较好的防效。近年，饲用黑麦草栽培较多，易在麦田混杂，形态又和毒麦相似，需仔细识别。