自交不亲和系即本品种开花时，同株或异株的花进行授粉不结实或结实率很低的株系，要求结实率必须在1％以下（也称为自交不亲和指数小于1）。要选育白花菜自交不亲和系植株，除了在留种时仔细观察、选取结实率低的植株外，必须选择一大批植株，每株在开花前选用1～3个花枝（约100朵花），用玻璃纸套袋隔离，开花后进行自花授粉，结荚后统计结实率，某一植株结实率低于1％，此植株即为自交不亲和植株，可通过蕾期自花授粉进行繁殖。自交不亲和系选育成功后，用自交不亲和系为亲本配制的杂交一代制种就可以不用人工蕾期授粉而采用天然（依靠昆虫授粉）进行制种。