其中的原理是稻草、肥料在堆制发酵过程，培养料中的高温真菌、放线菌细菌，将其中的纤维素、氮元素等物质转化成多聚糖，这类物质大多数靠吸收简单碳水化合物的菌种（杂菌）无法吸收利用，而蘑菇菌丝能分泌特殊的酶，分解多糖聚合物供生长利用。在播种时，菌种量大，生长迅速，很快占领整个培养料，其他杂菌无法生长。而像香菇、灵芝不能分泌这种酶，就应把培养料彻底灭菌，接入菌种，让食用菌种单独生长，结实。如用巴氏灭菌，或堆料制种的话，可能在接种块附近能正常生长，往下就无法伸长，就是因为处理后培养料有杂菌的孢子。因接入的食用菌菌种量大，先萌发了，伸长了。但10天半个月后，杂菌的孢子萌发，伸长了，占据了下部的培养料空间，食用菌的菌丝无法再伸长。