土壤消毒即在夏季趁保护地休闲之机将土壤翻耕并灌水，用透明塑料膜严密覆盖，暴晒，使得土壤达20℃以上，并保持5天以上，然后揭膜通风使用。另外可用药土消毒法，1平方米用40％多菌灵兑水2～3千克，掺细干土5～6千克，均匀撒到地里；还可以用氰氨化钙消毒，每亩50～100千克。因此，在高温季节灌水、闷棚，进行土壤休复是比较经济的。