双孢蘑菇原种一旦发生毛霉和绿霉，就不能应用。蘑菇原种中的任何杂菌，都应以防为主。在制备原种的过程中应注意以下几个问题。

（1）原材料。麦粒、棉籽壳、粪草等应新鲜、无霉变、无虫害，在装瓶前，在太阳下暴晒1～2天。

（2）严格掌握消毒灭菌的温度和时间，特别是保温时间。

（3）严格进行无菌操作接种。

（4）培养环境，既能保温保湿，又能通风换气，一般应控制温度不能超过30℃，最适温度为24～26℃。

（5）经常检查，及时清理杂菌瓶。