金针菇基部长絮状物有两种可能。

（1）生理性，即菇房湿度大、温度偏高，料内菌丝爬到面上，有可能营养生长过旺，这种情况下只要加强通风、湿度降低，表面菌丝就会退去。

（2）由瓶梗青霉菌引起的基腐病，是一种真菌性病害，引发病害后，基部腐烂后使子实体倒伏，幼菇期虽不倒伏，但不能继续生长发育，最后死亡。此病由空气、喷水、昆虫等传播，在通气不良、温度略高时发生加速，料面积水时发病加速。防治方法是保证在空气流通、湿度降低、控制用水的情况下，药剂防治可用多菌灵800倍液、甲基托布津800倍液等杀菌剂喷施。