羊肚菌的组织分离部位是在菌柄组织，先将羊肚菌的子实体用灭过菌的水进行冲洗，再用灭过菌的药用棉或纱布将菇体的表面水吸干，然后用75％酒精棉擦拭数次，将菇柄对开剖切，取柄内组织，因菌柄是中空的，只能在柄内两侧处用接种针刮一点组织，接入PDA培养基的试管中，在25℃左右培养，待接种块周围长出菌丝，然后再移接1次（纯化）即成。