鸡腿菇覆土是重要的技术措施，覆土厚度为3厘米。在3厘米以下，随着土层厚度增加，幼蕾数越多，子实体产量也增加；3厘米以上的厚度，土层的厚度，土层越厚，质量越低。

覆土应分两次进行，首先将菌棒间填满土，浇透水以后，再在表面覆盖3厘米厚的细土，再浇透水，防止土壤板结。覆土表面不宜再盖塑料薄膜，这样影响表面透气，又使水分不易蒸发，在高温季节会使料变质，又易使菌丝旺长，对形成菇蕾不利。