由于气温逐渐下降，双孢蘑菇的产量越来越低，北方地区自然温度（菇房）降到10℃以下。秋菇生产结束，进入越冬前期，当温度在5℃以下时，菌丝进入休眠期。

菇房管理工作应先清理菇床，剔除死菇、老根和老菌皮，补上一层细土，起到保暖作用。在保温前提下，保持适当通风换气，保持菌丝活力，但不出菇为前提。细土发白时可少量喷水。气温高的中午可适当通风，保持菇房空气转鲜。